三沙市成立前，西南中沙群岛医疗机构有海南省西南中沙群岛人民医院（简称海南省西沙人民医院）和海军西沙医院，医疗水平相当于两个乡镇综合医院，只能满足常见病的诊疗，外科手术能处理简单的创伤。2012年3月，位于永兴岛的三沙市人民医院开工建设，2013年7月19日投入使用，按一级医院建设，仿二级医院配置，总投资1800万元。


　　医院占地面积2388平方米，建筑面积2500平方米，拥有两栋三层的门诊大楼和住院大楼；配备X光、彩超、高压氧舱等先进的医疗设备；设有内科、外科、妇儿科、五官科等10多个医疗科室，床位30张，在编医护人员35人。2015年11月1日永暑礁首座医院项目动工，截至2016年11月，永暑礁医院已经建成投入使用，是三沙市的第三家医院。根据2017年3月媒体透露，美济礁医院已具备进行各项外科手术的条件。

　　三沙市属热带海洋性季风气候。一年间受太阳2次直射，年太阳辐射总量总辐射值140千卡/平方厘米。全年为夏季天气，热量和气温均为全国之冠，但由于海洋的调节，少有酷暑。每年10月至次年3月为东北季风盛行期，5月至9月为西南季风盛行期，平均风速6米/秒左右。平均每年发生台风6～7次，最多达10余次，其中70%来源于西太平洋，30%来源于南海本身，台风旺季为每年7～10月。年平均雨量在1500～1900毫米之间，但在时间上分配不均，每年12月至次年5月为少雨期，6月至11月为多雨期，故一年只有两季，前者为干季，后者为湿季。